生殖器疱疹可能是导致人工流产后不孕症以及男性不育症的重要因素。凡与患有阴茎疱疹的男性发生一次性接触的女性，约有80%可受感染，而孕妇生殖器疱疹还可以引起子宫内HSV感染和新生儿感染，给胎儿造成严重影响。
导致心理负担由于病情反复发作，加上性病的帽子，经常使患者产生沉重的心理负担，甚至引发婚姻危机。
导致混合感染生殖器疱疹常与其他性传播疾病，如淋病、非淋菌性尿道炎、梅*、阴道念珠菌病、滴虫等混合感染。
导致不适症状初次发作的生殖器疱疹，除了有生殖器部位的灼热、疼痛等症状外，可能还有全身不适、发热、头痛、全身关节和肌肉疼痛。
导致其他疾病生殖器疱疹还可以引起播散性疱疹、疱疹性脑膜炎、前列腺炎、直肠炎、盆腔炎、脊髓神经根疾病等一系列并发症。
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